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世界においても日本においてもHTLV-1の分布はきわめて偏在していて、海に近いところに多く存在する傾向があります。HTLV-1の遺伝子型は①コスモポリタン型②中央アフリカ型③メラネシア型に分類されますが、疾患上の違いはないといわれます。
実際、日本を遠く離れたチリのミイラ（古代モンゴロイド、約1500年前）からきわめて類似した遺伝子が検出されました。（1999年ネイチャー・メディシン） 日本人のHTLV-1はインド・マレー地域で生まれたメラネシア型に由来すると考えられ、京都大学の日沼教授は著書の中で日本人の起源を次のように推論しています。
もともと日本に土着した縄文人は高率にHTLV-1に感染していたが、やがて弥生時代に大陸や朝鮮半島から渡来したHTLV-1に感染していない弥生人に日本の中心を取られます。その結果、縄文人は周辺に追いやられ、九州、四国、紀伊半島、三陸海岸、北海道の地域に高い陽性率を 残すことになった、と唱えています。
九州のなかでも特に鹿児島県、宮崎県、長崎県はウィルス陽性者が多い地区となります。